개막전은 강화(고양-SSG), 이천(LG-두산), 서산(KIA-한화), 경산(NC-삼성), 상동(KT-롯데) 총 5개 구장에서 개최된다.

2025 KBO 퓨처스리그는 북부(한화, SSG, LG, 두산, 고양)와 남부(상무, KT, 삼성, NC, 롯데, KIA) 2개 리그로 나뉘어 진행한다. 북부리그는 20차전(홈, 원정 10경기), 상무를 제외한 남부리그는 18차전(홈, 원정 9경기)으로 편성했다. 상무는 16차전(홈, 원정 8경기) 일정을 소화한다.

인터리그는 상무를 제외한 남부리그가 기존과 동일하게 6차전(홈, 원정 각각 3경기), 상무 8차전(홈 5경기, 원정 3경기), 북부리그 8차전(홈 3경기, 원정 5경기)으로 편성했다. 이에 따라, 북부리그와 남부리그 팀당 118경기(상무 120경기)씩 9월 27일(토)까지 총 650경기를 편성했다.

퓨처스리그 경기 개시 시간은 오후 1시이며, 7월 8일(화)부터 8월 24일(일)까지는 서머리그 기간으로 혹서기 선수 보호와 경기력 향상을 위해 모든 경기를 오후 6시에 진행한다. 우천 등으로 경기 취소 시 다음날 더블헤더로 편성되며(3월, 6월 2일~ 8월 31일 제외) 해당 경기는 1, 2차전 모두 7이닝 경기로 치러진다.

ABS가 전 구장으로 확대 적용될 예정이며, 체크 스윙의 비디오판독을 일부 구장에서 시범 도입한다.

체크 스윙은 타자가 투수의 투구한 공을 타격하려는 의도로 배트를 휘두르는 동작을 할 때, 그 여세로 인해 배트의 각도가 홈플레이트 앞면과 평행을 이루는 지점 보다 투수 방향으로 넘어갔을 때 심판은 스윙 스트라이크로 판정한다. 판독 기회는 2차례 주어지며 판정이 번복될 시 기회가 유지된다(연장전에는 1번의 기회 추가 부여).

또한 연장전 승부치기는 올시즌에도 동일하게 진행한다. 9회 말 종료 시에도 동점인 경우 10회부터 승패가 갈릴 때까지 승부치기를 실시한다. 타자는 이전 이닝 타순부터 타석에 들어서며, 주자는 해당 타석에 들어선 타자보다 선행 타순이었던 선수를 각각 1, 2루에 배치해 경기를 치른다.

한편, 올시즌부터 퓨처스리그 챔피언 결정전이 신설돼, 북부리그 1위팀과 남부리그 1위팀이 단판 승부로 2025 시즌 퓨처스리그 최강팀을 가리게 된다.

퓨처스리그는 구장 상황에 따라 일부 경기의 개최 장소가 변경될 수 있으며, 서머리그 기간에는 고척, 대구, 사직 등 KBO 리그 구장에서도 경기가 펼쳐진다.